Los espers de ciudad de la Academia están clasificados en seis niveles, los de “Nivel 0” son débiles y carecen de poder pero los que pertenecen al “Nivel 5” poseen gran poder y una capacidad abrumadora.

De los varios millones de Espers que residen en la ciudad, solo siete de ellos han alcanzado el nivel 5 y el más alto de ellos es el conocido Accelerator, el protagonista de la historia.

Accelerator ha llevado una vida relativamente tranquila hasta que se ve arrastrado a un nuevo conflicto a causa de los planes de la siniestra organización Disciplinary Action, que planea usar a Last Order para una peligrosa misión. Por lo que ahora que han puesto en marcha su plan, la seguridad de Last Order y Ciudad Academia dependerá del esper más poderoso del mundo.