Anna, una joven que vive en Sapporo, tiene problemas con sus compañeros de clase. Debido a los ataques de asma, un médico sugiere que Anna se mueva a un lugar más relajante. Después de mudarse al campo con su familia, separada de su madre, ella pasa su tiempo caminando por la zona y dibujando. Ella se siente atraída por una casa aparentemente abandonada a través del agua, que solo se puede caminar durante la marea baja. Es allí donde conoce a Marnie.

Aunque descubre que Marnie es la primera niña de su edad con la que se lleva bien, hay algo misterioso en ella: Marnie incluso le dice a Anna que la mantenga en secreto. Anna tiene problemas para recordar cosas, e incluso se desmaya. ¿Cómo se relacionan estas cosas con Marnie? ¿Quién es esta extraña chica?