Shido Itsuka, que solía ser un estudiante normal de secundaria en Raizen alta, se reúne con el primer Espíritu, Tohka, y despierta su poder para "sellar el poder del Espíritu". Aunque pueden ser temidos y odiados seres debido a su inmenso poder, Espíritus eran siempre solo y sólo conocían el combate y la muerte. Shido, el único en el mundo con el poder para sellar la fuerza de los Espíritus, se lanza en las fechas que amenazan la vida con los bellos espíritus con el fin de salvarlos.