Kodomo no Jikan narra las desventuras que sufre un profesor llamado Daisuke Aoki que ingresa a una escuela como tutor. En su clase conocerá a Rin Kokonoe, una niña de 9 años que sentirá una "atracción" hacia él, algo que le puede causar problemas a Daisuke y que le podría hacer perder su empleo y su reputación.